《青春时代2》讲述了《青春时代》之后的故事。“尹真明”求职成功。遭受过约会暴力的“郑艺恩”则休学了1年。比起求职恋爱更为紧急的“宋智苑”仍然维持着母胎单身的状态。成功进行了初次恋爱的“刘恩彩”则陷入了失恋的痛苦。“姜伊娜”空出来的房间住进了新室友“赵恩”。

基哲（马东石饰演）被调派到乡下高中担任体育老师并兼任训导主任，不过，基哲一到学校便立刻觉得事有蹊跷，不仅学校职员散发出一股诡谲的气氛，镇上居民也好像隐藏着什么不可告人的秘密。某日，一名女学生失踪了，但大家却默不吭声，仿佛事情从未发生过，只有女学生的朋友宥贞（金赛纶饰），坚信好友遭人绑架，不放弃追查。