16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱真正的女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的趋势下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟 配音）。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。

　　地球历2110年。成功进入宇宙的人类，把多个资源小行星收归入囊，他们认为这样就与未来和繁荣挂钩了。　　但是，在外宇宙的桥头保——木星圈，自称“泛银河统一帝国”的神秘势力乌鲁加尔袭来，使得地球陷入了关乎存亡的危机。　　这时候，通过操控遗传基因而适应宇宙的人类诞生了，因此成立了特务机关MJP，而其下